Den dramatiske handling udspiller sig i 1942. Danmark er besat af tyskerne. Hovedpersonen Lars drømmer om at blive en del af storebroren, Gunnars, modstandsgruppe. Samtidig bærer Lars på en hemmelighed. Han er forelsket i sin storebrors kæreste Ingeborg. Drengene fra Sankt Petri er en historie om krig og kærlighed. Om venskab, offervilje og forbudt kærlighed, og om at leve med konsekvenserne af sine valg.