Chociaż Kościół potępił homoseksualizm w późnym średniowieczu, nie martwili się zbytnio zachowaniami homoseksualnymi, a taka postawa panowała również w świecie świeckim. Jednak około trzynastego wieku te tolerancyjne postawy zmieniły się dramatycznie. Niektórzy historycy odnoszą tę zmianę do klimatu strachu i nietolerancji, który panował w tym stuleciu wobec grup mniejszościowych, które odeszły od normy większości. Prześladowania te osiągnęły swój szczyt w średniowiecznej inkwizycji, kiedy sekty katarów i waldenów oskarżono o nieprzyzwoitość, sodomię i satanizm. W 1307 r. Oskarżenia o sodomię i homoseksualizm były ważne podczas procesu Templariuszy.