J.B. Banawiratma lama menjadi staf pengajar Fakultas Teologi Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta, sekarang menjadi Guru Besar Teologi pada Universitas Kristen Duta Wacana, Yogyakarta. Lama berkecimpung dalam pemikiran Teologi-teologi Kontekstual. Sekarang ini ikut terlibat juga dalam ”Indonesian Consortium for Religious Studies” (ICRS), sebuah konsorsium yang terdiri dari tiga universitas, yakni Universitas Gadjah Mada, Universitas Islam Negri Sunan Kalijaga, dan Universitas Kristen Duta Wacana. Bekerja sama dengan Universitas Gadjah Mada, ICRS mengelola program studi S-3 internasional melalui program studi ”Inter-Religious Studies” pada Program Pascasarjana Universitas Gadjah Mada.