Hertug Marco er den officielle leder, men han er sinke, og hans onkel og tante er de egentlige herskere. De kommanderer til søs, beskatter kolonierne, men frygter assassinerne. Verden ændrer sig den nat, hvor Marcos kusine kidnappes af mamluk-pirater. Som dagen gryr, forbereder Atilo, leder af hertugens assassinere, sig på at ekspedere manden, der lukkede piraterne ind. Selvom det bare er et enkelt drab blandt utallige andre, ændrer dette job hans liv for evigt. 'Assassinernes hemmelighed' er fortællingen om ambition, hævn og tilblivelsen af en assassin, en lejemorder, som gemmer på en ganske særlig hemmelighed og en ganske særlig sult. Handlingen udspiller sig i det 15. århundrede i Shakespeares Venedig, hvor fattigdom og sygdom eksisterer side om side med adelens rigdom og intriger, og hvor overnaturlige væsner lurer i skyggerne.