Ved hjælp af maskinen bliver Owen ført tilbage til et minde, som ligger i hans DNA: optøjerne i New York City i 1863 under den amerikanske borgerkrig. Her får han nys om et meget kraftfuldt relikvie fra en urgammel civilisation. Et relikvie som to hemmelige organisationer – Assassinernes Broderskab og Tempelridderordenen – vil gøre hvad som helst for at få fat i. Owen må klare sig i New Yorks voldsfyldte gader, og hvis han skal redde livet, må han finde relikviet før assassinerne og tempelridderne.