Owe Philipsen studierte Physik mit Nebenfach Philosophie an den Universitäten Stuttgart, Cornell (NY, USA) und Hamburg. Nach der Promotion am Deutschen Elektronen Synchrotron (DESY) in Hamburg arbeitete er als Wissenschaftler an der Oxford University, der Universität Heidelberg, am CERN in Genf sowie am Massachusetts Institute of Technology in Cambridge, USA, über verschiedenste Aspekte der theoretischen Teilchenphysik. 2004 übernahm er eine Professur an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster, 2010 folgte er einem Ruf an die Goethe-Universität Frankfurt am Main, wo er theoretische Teilchenphysik in Forschung und Lehre vertritt.