Buku ini terdiri dari dari tiga bagian utama yaitu bagian I meliputi pendahuluan, sejarah sapi Madura dan teori dasar genetika molekuler, bagian II mengenai metode analisis DNA yang terdiri dari pengambilan sampel DNA,berbagai cara isolasi DNA, elektroforesis, desain primer menggunakan software primer, Polymerase Chain Reaction (PCR), Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Sekuensing, marker mikrosatelit, analisis sekuen secara online dengan program ClustalW dan penggunaan program BioEdit, bagian III mengenai studi kasus analisis genetika molekuler pada sapi Madura yang meliputi analisis mtDNA D-Loop, MtDNA Cyt b, gen Growth Hormone, gen MC1R, gen SRY dan marker mikrosatelit.
Buku Analisis Genetika Molekuler Sapi Madura dapat digunakan sebagai bahan bacaan untuk pembelajaran berbasis riset (PBR) dan student center learning (SCL), sehingga dapat didorong mahasiswa untuk menjadi pembelajar sepanjang hayat dan senantiasa bertekad untuk selalu mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi terkini. Semoga buku ini dapat bermanfaat bagi mahasiswa dan peneliti pemula sebagai acuan dalam melakukan analisis genetika molekuler pada berbagai ternak lokal di Indonesia.