Carlos Reis é professor catedrático e leciona Literatura Portuguesa, Teoria da Literatura e Estudos Queirosianos. É coordenador do Centro de Literatura Portuguesa. Como professor convidado lecionou em diversas universidades estrangeiras: Salamanca, Wisconsin-Madison, Santiago de Compostela, Massachusetts-Dartmouth, Pontifícia Univ. Católica do Rio Grande do Sul e Univ. do Estado Rio de Janeiro. Dirige a História Crítica da Literatura Portuguesa e publicou mais de uma dezena de livros, em Portugal, Espanha, Alemanha, França e Brasil.
Foi diretor da Biblioteca Nacional, presidente da Associação Internacional de Lusitanistas, reitor da Universidade Aberta (2006-2011) e presidente da European Association of Distance Teaching Universities (2009-2011).
É membro da Real Academia Española, da Academia das Ciências de Lisboa e da Academia Europaea. No CLP dirige os projetos Edição Crítica das Obras de Eça de Queirós e “Figuras da Ficção”.