Santuário das Sombras, baseado no livro mais vendido de James Herbert, Shrine, segue uma jovem menina deficiente auditiva que é visitada pela Virgem Maria e que passa, de repente, a ouvir, a falar e a curar doentes. Como as pessoas do seu rebanho estavam distantes para testemunhar os seus milagres, um jornalista desgraçado (Jeffrey Dean Morgan) na esperança de reavivar a sua carreira, visita uma pequena cidade da Nova Inglaterra para investigar. Enquanto os acontecimentos aterradores começam a acontecer à sua volta, ele começa a questionar se estes milagres são obras da Virgem Maria ou algo muito mais sinistro.